Kostel byl povýšen na farní a dosavadní farní kostel v Bílém Kostelci se stal pouze filiálním. Do farnosti Konojedy patřily obce Konojedy, Horní a Dolní Dubičná, Brusov, Bílý Kostelec, Pohorsko a Starost. Podle tehdejšího nařízení nesměli být J. F. Kristián hrabě Sweerts Špork ani jeho manželka Marie Barbora, hraběnka z Bubna, pohřbeni do rodinné hrobky pod kostelem a byli pohřbeni na hřbitově v Konojedech, založeném roku 1787.

V kryptě pod hlavním oltářem jsou pochováni oba zakladatelé kláštěra a kostela. V další kryptě řádoví členové a projektant kostela W. M. Löhrer.

Kostel utrpěl v roce 1945 výbuchem munice v blízkém lomu – strop oratoře přilehlé ke kostelu se částečně zřítil, okna i s rámy byly výbuchem vyraženy. Rovněž střecha kostela byla značně poškozena.

Na stavu této historické památky se od roku 1945 nejvíce „podepsala“ její bývalá majitelka. A tou byla bezmála 40 let armáda.

Jak to v podobných případech bývá, objekt dostával pouze minimální údržbu a s přicházejícími léty postupně chátral.

Po prodeji armádou se předchozí majitel zavázal objekt zrekonstruovat, avšak svému závazku nedostál. Zámek i kostel chátral dál.

Od roku 2008 vlastní Konojedský zámek i kostel pan Vladimír Přibyl, který se postupně snaží zachránit celou stavbu. Jak se mu to daří, si můžete prohlédnout na těchto stránkách.